Evangelion 3.0+1.0 Thrice Upon a Time อีวานเกเลียน 3.0+1.01 สามครั้งก่อน เมื่อเนิ่นนานมาแล้ว พากย์ไทย เดอะมูฟวี่ เรื่องราว หลังจากความพยายามที่ล้มเหลวของ NERV ในการดึงหอกของ Longinus และดำเนินโครงการเครื่องมือมนุษย์ การทำลายล้างที่เกิดจากผลกระทบที่สี่ได้ถูกหลีกเลี่ยงไปมาก ในสภาวะที่ไม่เป็นระเบียบ ชินจิ อิคาริ, อาสึกะ แลงลีย์ ชิกินามิ และเรย์ อายานามิ เดินทางไปยังหมู่บ้าน 3 ซึ่งเป็นถิ่นฐานของผู้รอดชีวิตที่ปราศจากการทำลายล้างของโลก ที่นั่น ชินจิค่อย ๆ ค่อยๆ เข้าใจอดีตของเขา และพัฒนาชีวิตที่แตกต่างไปจากสมัยที่เขายังเป็นนักบิน Evangelion ในขณะเดียวกัน NERV ก็เตรียมการเพื่อดำเนินโครงการ Instrumentality Project ต่อไปด้วยการสร้างผลกระทบใหม่ เมื่อเรือรบทางอากาศหลักของ WILLE มาถึงหมู่บ้าน ชินจิตัดสินใจขึ้นเรือ โดยเชื่อว่าเขาสามารถช่วยได้ด้วยการขับ Evangelion เมื่อความลับใหม่ถูกเปิดเผยและการต่อสู้ระหว่างวิลล์และเนิร์ฟกำลังใกล้เข้ามา อนาคตของโลกก็แขวนอยู่บนเส้นด้าย ชินจิสามารถช่วยมนุษยชาติและส่วนอื่นๆ ของโลกเป็นครั้งสุดท้ายได้หรือไม่?