คลื่นไคจูโผล่ออกมาจากเขตอุตสาหกรรมในโตเกียว กระตุ้นให้กัปตันเก็นโตและหน่วยปฏิบัติการพิเศษไคจู (SKaRD) เข้าร่วมในการต่อสู้ที่ไม่หยุดหย่อน แต่ถึงแม้จะพยายามอย่างเต็มที่ การโจมตีของไคจูที่ไม่รู้จบก็ยังคงดำเนินต่อไป SKaRD สงสัยถึงความเชื่อมโยงกับบริษัท Necromass ซึ่งเป็นบริษัทเคมีขั้นสูงที่วิจัยซากไคจูและเป็นเจ้าของโรงงานในเขตอุตสาหกรรมที่สัตว์ประหลาดเหล่านี้มาจาก จึงรีบไปหาซีอีโอของบริษัทและนักเคมีชื่อดัง ดร. Mabuse ที่ศูนย์วิจัยของบริษัท Necromass ดร. Mabuse อธิบายถึงการพัฒนาของดามูดอกซิน ซึ่งเป็นสารที่เกือบจะบรรลุความเป็นอมตะ ในขณะเดียวกัน เอเลี่ยนดามูโนะที่อ้างตัวว่าเป็น “ผู้ปกครองจักรวาล” ก็ปรากฏตัวขึ้น ความโกลาหลเกิดขึ้นเมื่อดามูดอกซินรั่วไหลจากแท็งก์ที่ถูกทำลาย กัดกินตัวอย่างซากไคจูและก่อให้เกิดกงกิลกันยักษ์ หรือซากปีศาจ เรื่องราวเกิดขึ้นที่กรุงโตเกียว เมืองหลวงของญี่ปุ่น อุลตร้าแมนเบลซาร์และเอสเคอาร์ดีปะทะกันในการเผชิญหน้ากับไคจูยักษ์!